海藻の種類によって、それぞれフコイダンの種類があり、そのヌルヌル成分の構造も違います。従って、海藻ごとに含まれるフコイダンの組成にも少なからず違いがあり、それぞれ活性の違いを持っているのです。
同じフコイダンでも、種類・構造・抽出方法によって活性が全く異なります。 フコイダン でもコンブ由来、モズク由来、メカブ由来、海藻由来のものが有ります。
それではどの海藻がよいのでしょうか？フコイダンの研究が進み、フコイダンの抽出にはもずくが良いという事がわかってきました。しかももずくには特に硫酸化フコースという成分が他よりも多く含まれていたのです。もずくには、ほかの海藻に比べて約5〜8倍ものフコイダンが含まれています。
活性度が高いとされているものは、昆布科から抽出された5種類のコンブ由来のフコイダンです。
昆布の中でも真昆布の仮根（ガニアシ）から抽出される、アルギン酸とグルロン酸とセルロースのL-フコイダンとGA-フコイダンがあります。特に、L-フコイダンとGA-フコイダンはガニアシ特有のフコイダンとして注目されています。
又、最近では、ナガマツモ科の沖縄モズクから抽出されたオキナワモズクフコイダンとワカメのメカブから抽出されたメカブ由来フコイダンなどが確認されています。
しかしながら、他の海藻類にももずくにはない有効な成分が含まれておりどれが優れているというわけではありません。
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